有机农业面临的主要挑战包括但不限于以下几个方面：

1、生产技术挑战：有机农业要求采用生物、物理和机械等非化学手段管理农作物、土壤和害虫病害，这需要农民具备一定的专业知识和技能。在转型期，农民可能需要适应新的农业管理方法和技术，这可能会面临学习成本和技术难题。

2、市场需求与供应不平衡：尽管有机农产品市场需求不断增长，但供应与需求之间仍存在不平衡。有机农产品的生产周期较长，产量较低，价格通常较高，这可能限制了其在市场上的竞争力。

3、土地资源有限：有机农业要求土地生产环境良好，不受化学农药和化肥的污染。然而，有机耕地资源有限，且有机转换期需要较长时间，这导致了有机耕地资源的稀缺性。

4、成本高昂：有机农业的生产成本通常较高，主要体现在劳动成本、生产周期长、管理复杂等方面。农民需要投入更多的人力、物力和财力来维持有机生产的运营，这可能增加经营风险。

5、市场准入标准：有机农产品需要符合一系列的有机认证标准才能进入有机市场，包括土地管理、生产工艺、动植物养殖等方面。这些认证标准的达成需要农民具备相应的生产管理技术和证明材料，可能增加生产成本和管理难度。

6、害虫和病害管理：有机农业通常不采用化学农药和化肥，这增加了管理农作物害虫和病害的难度。有效的有机农业管理方法需要依赖于生物防治、物理防治等非化学手段，这可能会增加农民的管理工作量和技术挑战。

综上所述，有机农业面临着生产技术、市场需求、土地资源、成本、认证标准以及害虫病害管理等多方面的挑战，需要政府、农业机构和农民共同努力，采取有效的措施来促进有机农业的发展和持续健康发展。