堆肥处理方式是在人工控制水分、碳氮比和通风条件下，通过微生物作用，对固体粪便中的有机物进行降解，使之矿质化、腐殖化和无害化的过程。堆肥主要分好氧堆肥和厌氧堆肥，目前主要是以好氧堆肥为主。堆肥后的粪便养分成分更加稳定，更加利于作物吸收，同时还能改良土壤状况，因此养殖户、中小型养殖场或者农场大多应用这种有机肥设备处理模式。
发酵物加1公斤有机肥发酵剂，最好加入秸秆或蘑菇渣等调节一下碳氮比；物料建堆在1.5米～2米，宽度2米，长度在2～4米以上；启动温度应在15℃以上较好；发酵物料的水分应控制在65%左右；发酵过程注意适当供氧与翻堆（温度升至75℃或以上时要翻倒几次），升温控制在65℃左右。
经过有机肥设备无害化处理后，粪便中的多种成分能转变成植物生长需要的养分，成为有用的资源。粪便中氮、磷等含量与饲料养分代谢有关，废水量受生产管理环节因素的影响，因此，畜禽粪便利用有机肥设备处理有机肥应综合考虑粪便的来源、影响因素、利用价值以及处理成本等，要基于源头减排、预防为主、种养结合、利用优先、因地制宜、合理选择、全面考虑、统筹兼顾的思路选择适当的处理利用方法。
华之强有机肥设备