1、增加土壤有机质含量

化肥主要提供大量的氮、磷、钾等无机养分，而有机肥富含大量的有机物质。例如，畜禽粪便有机肥含有丰富的腐殖质、纤维素等有机成分。当有机肥替代部分化肥时，这些有机物质会被带入土壤。腐殖质是土壤有机质的重要组成部分，它能够改善土壤结构，使土壤更加疏松多孔，有利于空气和水分在土壤中的流通。

有机肥中的有机成分还可以为土壤微生物提供碳源等营养物质，促进微生物的生长和繁殖，进一步增加土壤中的生物量，而微生物残体也是土壤有机质的来源之一。

2、改善土壤微生物环境

化肥的长期过量使用可能会对土壤微生物产生负面影响，如改变土壤微生物群落结构。而有机肥的施用能够为土壤微生物提供更适宜的生存环境。有机肥中含有各种有机物质，这些物质可以作为微生物的食物来源。例如，许多微生物能够分解有机肥中的糖类、蛋白质和脂肪等成分。

当有机肥替代部分化肥时，土壤中的有益微生物数量和种类会增加。例如，固氮菌、解磷菌和解钾菌等有益微生物在富含有机质的土壤环境中更加活跃。

3、提高土壤结构稳定性

土壤结构的稳定性对于农业生产至关重要。长期使用化肥可能会导致土壤板结，而有机肥可以改善这种情况。有机肥中的有机胶体物质，如腐殖酸等，能够与土壤中的矿物质颗粒相互作用。

当有机肥替代部分化肥时，土壤结构的稳定性得到增强，减少了因土壤侵蚀、压实等因素导致的土壤有机质流失，从而有利于土壤有机质的稳定。