在生物有机肥的发酵过程中，可以使用多种微生物，主要包括以下几类：

1、细菌：

乳酸菌：可促进有机物的分解，提高肥料的营养价值。

芽孢杆菌：具有良好的耐热性，能有效分解有机物质。

硝化细菌：帮助转化氨氮为硝态氮，增加肥料的氮素利用率。

2、真菌：

酵母菌：在发酵过程中产生有机酸，促进有机物的分解。

木霉菌：能有效分解纤维素，提高堆肥的腐熟度。

3、放线菌：

这些微生物能够分解复杂的有机物，并产生一些抗生素，抑制有害病原菌。

4、藻类：

某些藻类（如蓝绿藻）可以在有机肥中提供额外的营养成分，并改善土壤结构。

5、复合微生物菌剂：

市场上也有专门的复合微生物菌剂，包含多种有益微生物，能够协同作用，提高发酵效率和肥料质量。

这些微生物在发酵过程中相互作用，有助于提高肥料的氮、磷、钾含量及其他微量元素的释放，促进作物生长。